1. Ταξινόμηση κατά οδηγό: Με βάση τη μορφή των οδηγών για κάθε άξονα, τα κατακόρυφα κέντρα κατεργασίας μπορούν να χωριστούν σε κέντρα κατεργασίας σκληρυμένων οδηγών και γραμμικά κέντρα κατεργασίας οδηγών. Οι σκληρυμένοι οδηγοί είναι κατάλληλοι για βαριά κοπή, ενώ οι γραμμικοί οδηγοί προσφέρουν πιο ευαίσθητη κίνηση, μεγαλύτερη ταχύτητα ταξιδιού και μεγαλύτερη ακρίβεια.
2. Ταξινόμηση ανά δομή: Με βάση τη δομή του κρεβατιού, τα κατακόρυφα κέντρα μηχανικής κατεργασίας μπορούν να χωριστούν σε τύπου C-και τύπου σκελετού.